Wanneer Paul en Amanda Kirby paleontoloog Alan Grant een blanco cheque aanbieden om hen als gids te vergezellen op een vlucht over Isla Sorna, het eiland uit The Lost World, kan hij niet weigeren. Hij heeft geld nodig voor zijn opgravingen en even later vliegt hij samen met het stel over het eiland, waar de dino’s nog steeds leven. Het stel blijkt echter andere bedoelingen te hebben en wil op zoek naar hun zoon, die na een middagje parasailen met Amanda’s nieuwe vriend boven het eiland is verdwenen. Binnen de kortste keren is het vliegtuig gestrand en begint de ellende pas goed.
Zoonlief wordt snel gevonden, dus kan er een uitweg worden gezocht om van het eiland af te komen. Op hun weg naar de kust komt de groep vele malen oog in oog te staan met verschillende soorten dino’s. Nieuw toegevoegd aan de digitale hoofdrolspelers zijn de Pteranodon, een vliegende dino en de Spinosaurus, een dino die nog groter is dan de T-Rex. Zal iemand het gevaarlijke eiland overleven?