Het is 2029 en astronaut Leo Davidson voert een reddingsoperatie uit naar de aap die hij onderzoekt. Hij stort echter neer op een onbekende planeet. Mensen worden er gevangen genomen en werken als slaaf in dienst van tirannieke apen. De mens wordt dus beschouwd als ondergeschikt en ongeciviliseerd, een omgekeerde wereld
Met behulp van de chimpansee en mensenrechtenactiviste Ari (Helena Bonham-Carter) kan Leo ontsnappen aan de wereld van onderdrukking en politieke spelletjes. Het uiteindelijke doel van de ontsnapping is het bereiken van een heilige tempel, in het verboden gebied van de planeet. Deze tempel bewaart volgens de legende shockerende geheimen over het verleden van de mensheid en is de sleutel naar de toekomst.
De agressieve generaal Thade ziet Leo als een bedreiging van de apenmacht en wil daarom meteen maar de gehele mensheid voor eens en voor altijd uitroeien. Onder zijn aanvoering zet het gigantische apenleger de achtervolging in. Een reusachtige confrontatie kan natuurlijk niet uitblijven.
