Hoewel The Omega Stone een vervolg is op Riddle Of the Sphinx (ROTS) is het spel ook goed te spelen als je ROTS niet gespeeld hebt. Het spel start in 2012 in een gang in de pyramide van Gizeh, alwaar je in ROTS de Ark des Verbonds hebt ontdekt. Professor Gil heeft je hulp weer nodig. Hij is bezig met vertalen van oude documenten en heeft een voorspelling gevonden van een grote gebeurtenis die binnenkort plaats zal vinden. Niet alleen is 2012 het laatste jaar van de Maya-kalender, ook de configuratie van Stonehenge geeft aanwijzingen dat het een belangrijk jaar zal worden.
De professor geeft je, na een korte uitleg van wat hij van je verwacht, een aantal kaartjes waarmee je naar lokaties over de hele wereld kan reizen. Op deze mysterieuze plekken moet je gouden schijven verzamelen die daar eeuwen geleden verstopt zijn door de mensen die er toen leefden.
Tijdens je speurtocht ontdek je steeds meer overeenkomsten tussen de oude beschavingen. Het verhaal is niet altijd even geloofwaardig en je moet wel een beetje openstaan voor de manier waarop het spel je verbanden tussen symbolen en bewijzen voor theorieën wil laten zien.
