Yoshi Touch & Go kent twee soorten gameplay: verticaal en horizontaal. Het verticale gedeelte bestaat uit het begeleiden van Baby Mario in een vrije val naar beneden (dit verticale gedeelte ken je misschien als een van de tech-demo\'s op de E3 van 2004). Je moet zijn val breken en hem langs muntjes en vijanden loodsen door wolkjes te tekenen. Deze wolkjes teken je met de stylus op het onderste scherm terwijl Mario op het bovenste scherm blijft. Naast wolkjes waarlangs Mario naar beneden glijdt kan je ook cirkeltjes tekenen zodat er ballonnen ontstaan. In een ballon kan je vijanden vangen zodat ze veranderen in muntjes. Zodra je een ballon met muntjes hebt kun je die ook weer richting Mario gooien. Het verzamelen van muntjes is belangrijk voor het volgende stuk dat je met Yoshi speelt, meer punten betekent een betere Yoshi. De meest simpele Yoshi is de groene en de beste Yoshi is de zwarte. Het verschil zit hem in de capaciteit eieren en de loopsnelheid.
Van links naar rechts: Score Attack, Marathon en MultiplayerZodra Baby Mario beneden is ga je verder als Yoshi die van links naar rechts (of andersom voor de linkshandigen) loopt. Je moet hier ook zorgen dat Yoshi gewoon door kan lopen zonder vijanden te raken. Naast het tekenen van een route en ballonnen kan je met Yoshi nog iets extra\'s, namelijk eieren schieten. Afhankelijk van de kleur van je Yoshi krijg je ook meer eieren tot je beschikking. Je kan een ei gooien door het scherm één keer te raken in de richting waarop je wilt gooien. Het komt er dus eigenlijk op neer dat je in Yoshi Touch & Go niet Yoshi of Mario bestuurt, maar de omgeving zo manipuleert dat ze vrij baan hebben naar hun doel.
In Yoshi Touch & Go zijn er vier verschillende onderdelen waarmee je kan spelen en deze worden op de volgende pagina besproken.