Het verhaal van deze Shinobi versie vertelt over een ninja, genaamd Hotsuma, die de dood van de leden van zijn eigen Orobro Clan wil wreken. Hij moet dat doen door elke keer verschillende stages af te werken, en daar op het einde een soort 'eindbaas' te verslaan.
Op zijn zoektocht naar wraak komt Hotsuma verschillende soorten vijanden tegen waaronder de leden van zijn eigen clan, die nu als zombie door het leven gaan, maar ook tanks en helikopters. In de verschillende levels heb je als ninja de beschikking over verschillende wapens, waarbij je Akujikizwaard het belangrijkste wapen is. Dit zwaard voedt zich met de Ying (het slechte) van de mensen die je doodt. Als je te weinig Ying verzamelt, begint het zwaard van jouw levensenergie te peuzelen. Je hebt dus niet alle tijd van de wereld, en moet zo snel mogelijk van stage naar stage zien te komen.
Op zijn zoektocht naar wraak komt Hotsuma verschillende soorten vijanden tegen waaronder de leden van zijn eigen clan, die nu als zombie door het leven gaan, maar ook tanks en helikopters. In de verschillende levels heb je als ninja de beschikking over verschillende wapens, waarbij je Akujikizwaard het belangrijkste wapen is. Dit zwaard voedt zich met de Ying (het slechte) van de mensen die je doodt. Als je te weinig Ying verzamelt, begint het zwaard van jouw levensenergie te peuzelen. Je hebt dus niet alle tijd van de wereld, en moet zo snel mogelijk van stage naar stage zien te komen.
