Uitslag tweede kwalificatie Maleisië
 | In de tweede kwalificatie op Sepang heeft Fernando Alonso de snelste tijd weten neer te zetten en pakte daarmee de pole. Hij bleef Jarno Trulli en teamgenoot Giancarlo Fisichella voor. |
Opnieuw deden in de tweede kwalificatie Toyota en Red Bull Racing verrassend goed. Hun coureurs wisten zich van een plek in de top tien van de startgrid te verzekeren. Ferrari viel wederom tegen en ook McLaren moest wat plaatsen laten schieten.
Uitslag:
| Pos. | Coureur | Team | Tijd |
| 1 | Fernando Alonso | Renault F1 | 1:35.090 |
| 2 | Jarno Trulli | Toyota F1 | 1:35.253 |
| 3 | Giancarlo Fisichella | Renault F1 | 1:35.683 |
| 4 | Mark Webber | BMW Williams F1 | 1:35.700 |
| 5 | Christian Klien | Red Bull Racing | 1:35.865 |
| 6 | David Coulthard | Red Bull Racing | 1:35.891 |
| 7 | Ralf Schumacher | Toyota F1 | 1:35.901 |
| 8 | Jenson Button | BAR Honda | 1:36.216 |
| 9 | Nick Heidfeld | BMW Williams F1 | 1:36.453 |
| 10 | Kimi Räikkönen | McLaren Mercedes | 1:36.644 |
| 11 | Juan Pablo Montoya | McLaren Mercedes | 1:36.757 |
| 12 | Anthony Davidson | BAR Honda | 1:37.024 |
| 13 | Rubens Barrichello | Scuderia Ferrari | 1:37.340 |
| 14 | Michael Schumacher | Scuderia Ferrari | 1:37.561 |
| 15 | Felipe Massa | Sauber Petronas | 1:37.733 |
| 16 | Jacques Villeneuve | Sauber Petronas | 1:38.108 |
| 17 | Narain Karthikeyan | Jordan Grand Prix | 1:39.850 |
| 18 | Tiago Monteiro | Jordan Grand Prix | 1:40.106 |
| 19 | Patrick Friesacher | Minardi F1 | 1:41.918 |
| 20 | Christijan Albers | Minardi F1 | 1:42.569 |