In prototype speel je Alex Meer, die een geheime oorlog vecht in New York. Naar mate de actie vordert komt een complot aan het licht welke de toekomst van de mensheid bedreigt. Van deze game zijn nu twee filmpjes verschenen waarin Alex lekker gaat klussen met geweren, bazooka's, zuigkrachten, klauwhanden en puntige stokken. De game wordt ontwikkeld door Radical Entertainment, die je misschien wel kent van games als Scarface: the world is yours, Crash of the Titans en The Simpsons Hit and Run.