"Doe niet zo dom, u gebeurt niks"
Een van de piloten van het toestel, dat in Boston was opgestegen en naar Los Angeles zou gaan, richtte een microfoon zo dat de luchtverkeersleider een kaper in het Engels tegen een piloot zoiets hoorde zeggen als: "Doe niet zo dom, U wordt niets aangedaan." Ook kon hij horen dat iemand vroeg om een vliegroute naar het vliegveld John F. Kennedy bij New York. Omdat de zegsman zelf het toestel niet begeleidde, weet hij niet of het om de piloot of om een kaper ging.
Kort daarop werd de transponder afgezet. Naar de hoogte waarop het toestel vloog kon de luchtverkeersleiding van toen af aan slechts gissen, hoewel het op de radar zichtbaar bleef. De luchtverkeersleiders vingen ook op dat een kaper zei: "Wij hebben meer vliegtuigen, wij hebben andere vliegtuigen." Zij begrepen toen niet wat hij daarmee bedoelde.
Naar verluidt zijn twee F-15-gevechtsvliegtuigen opgestegen, nadat bekend was geworden dat het vliegtuig was gekaapt. Maar kort voor of na het opstijgen kwam het bericht dat het toestel een gebouw had geraakt. Dat bleek het World Trade Center te zijn. De luchtverkeersleiders die het toestel hebben begeleid, hebben een trauma opgelopen. "Je hebt een speciale relatie met iedereen, met ieder vliegtuig waarmee je werkt. Zij hoorden wat er in de cockpit gebeurde en toen raakten zij het contact kwijt'', aldus de verkeersleider in de Christian Science Monitor, die in Boston wordt uitgegeven.